El TS refuerza la vinculación del informe del Ministerio de ciencia en la deducción fiscal por innovación tecnológica

Esta decisión ha anulado las sentencias previas de la Audiencia Nacional que respaldaban los informes del Equipo de Apoyo Informático (EAI) de la Agencia Estatal de Administración Tributaria (AEAT), los cuales contradecían el dictamen vinculante del MCIN.

Las tres sentencias dictadas en los recursos de casación examinan la situación derivada de la aplicación del Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) de 2004, vigente hasta 2014. Según el artículo 35.4 del TRLIS, las empresas pueden solicitar un informe al MCIN para la deducción fiscal por innovación tecnológica, y este informe es vinculante para la Administración tributaria en todos sus aspectos.

Los informes vinculantes del MCIN no pueden ser rebatidos ni ignorados

El Tribunal Supremo ha subrayado que los informes vinculantes del MCIN no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria. Esto incluye tanto la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal, como los gastos e inversiones presentados por las empresas y evaluados positivamente. El informe vinculante del MCIN incorpora todos los elementos necesarios para que las empresas puedan aplicar la deducción en la cuota del impuesto sin temor a ser corregidas por opiniones ulteriores de los órganos internos de la Administración.

La razón fundamental para anular las sentencias de la Audiencia Nacional radica en la aceptación incondicionada de la tesis de la AEAT, que contradecía la naturaleza vinculante del informe del MCIN. El Tribunal Supremo ha decidido que la AEAT no puede neutralizar el valor probatorio del dictamen vinculante del MCIN mediante un documento interno de sus propios funcionarios, como el informe del EAI, que no ha sido presentado como prueba pericial ni sometido a contradicción de las partes en el proceso.

La innovación tecnológica y la inversión efectuada debe poder deducirse en la cuota del impuesto

El Tribunal Supremo ha afirmado que un dictamen de la Administración que reconoce un derecho, como el de que un proyecto es innovación tecnológica y la inversión efectuada debe poder deducirse en la cuota del impuesto, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración. Además, incluso en casos excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica, no es aceptable la prueba autocreada en el seno de las dependencias internas de la AEAT.

En particular, el informe del EAI no procede de un órgano independiente de la AEAT ni está a cargo de funcionarios con un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones. Además, el EAI no posee los conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción, y la validez de un informe especializado del MCIN.

Las tres sentencias del Tribunal Supremo estiman los recursos de casación, anulan las sentencias de la Audiencia Nacional y declaran nulas las liquidaciones que negaron la deducción por innovación tecnológica en el Impuesto sobre Sociedades. Además, reconocen a las sociedades recurrentes el derecho a la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica declarada por ellas en sus autoliquidaciones.

Con esta resolución se refuerza la importancia del informe vinculante del MCIN en la deducción fiscal por innovación tecnológica y limita la capacidad de la AEAT para contradecir dicho informe mediante documentos internos. La decisión proporciona una mayor seguridad jurídica a las empresas que invierten en innovación tecnológica .