MTProto es otro de los principales motivos de alerta por parte de los expertos. A pesar de que su cifrado no se ha roto nunca públicamente --la 'app' llegó a ofrecer una recompensa de 300.000 dólares a quien lo rompiese--, el escepticismo subyace en el hecho de que haya sido creado por la propia desarrolladora homónima de Telegram, lo que rompe lo que desde el CNN-CERT se identifica como "la primera regla de la criptografía: no inventes tu propia criptografía". Este sistema 'casero' es considerado "más propenso a errores, y probablemente no ha sido examinado o evaluado por investigadores en el exterior".
A ambos riesgos de la ciberseguridad de Telegram se suman otros factores como la obligación de dar a la aplicación el número de teléfono personal como parte del proceso de registro, la recopilación de metadatos por parte de sus servidores, la monitorización de usuarios, la descarga de servicios no oficiales de la 'app' o posibles secuestros de cuentas aprovechando fallos de red o a través de SMS o llamadas.